コンパクトPCDを検証目的で2本並置したところ、1本が合格、もう1本のインジケータが一部変色しなかった。これはインジケータの不具合ではないか？

インジケータの不具合ではなく、インジケータが厳正に反応した結果を示しています。
なぜなら、滅菌器内の環境は均一ではありません。
コールドスポットとはいえ、位置が数ミリ変わったり、時がコンマ何秒ずれただけで、反応が異なります。
厳正なインジケータであるからこそ、このような事象が発生することがあるともいえます。